圣方济各圣堂建于1928年，这座小教堂的建筑形式似澳门一般教堂的巴罗克式建筑。教堂的外墙为黄白色，窗户成椭圆形及有一座钟楼，教堂前有一座纪念碑，以记念当地1910年战胜海盗一役。

　　教堂内地方狭小，设施简单，但受人注意的是放置在祭台上的一个银盒，盒内盛载着圣方济各的手骸圣镯，那是教徒瞻仰的圣物。但现时己被送到圣若瑟修院收藏。圣方济各是400多年前由葡国派来亚洲的天主教传教士，也是耶稣会向中国传教的先锋人物，1552年病逝于广东省台山县上川岛。由于圣方济各对天主教贡献很大，他死后的骨殖被教徒视为圣物。

　　教堂内原本亦存放有1835年大三巴圣保禄大教堂火灾后所遗下的59位日本籍及14位越南籍神父遗体的圣镯，但后于大三巴天主教艺术博物馆设立时捐献了给博物馆珍藏。